El Instituto fue creado a mediados de los años ‘80 bajo la denominación de Instituto de Biología Molecular (IBM). Su director y fundador fue el Dr. Eduardo Palma, químico y virólogo, especialista en fiebre aftosa. Su dotación inicial no superaba las 20 personas. Los coordinadores de Área fueron el Dr. Esteban Hopp (Biología Molecular Vegetal) y el Dr. Osvaldo Rossetti (Biología Molecular Animal).
A mediados de los años ‘90 el Instituto cambió su denominación por la de Instituto de Biotecnología (IB). Luego de la disminución de su planta y el cambio sufrido en su composición debido a numerosos éxodos al exterior de investigadores jóvenes formados, en el año 1997 se logró la incorporación de varios profesionales dentro del denominado Plan Joven creado por el INTA. Esto permitió desarrollar nuevamente los grupos de investigación en el Instituto.
En la década siguiente y merced al Proyecto Estructurante de Biotecnología se logró un importante desarrollo, tanto en materia de adquisición de equipamiento e infraestructura como en lo edilicio con la construcción de un edificio nuevo para albergar laboratorios y servicios centralizados, así como invernáculos y un bioterio.
A partir de esa etapa se consolidó una importante masa crítica que ganó protagonismo en el desarrollo de la Biotecnología argentina, constituida por un número importante de investigadores de CONICET, de doble dependencia y de INTA.
Fueron sus directores el Dr. Eduardo Palma (químico), el Dr. Osvaldo Rossetti (bioquímico), la Dra. Elisa Carrillo (bioquímica), la Dra. Ruth Heinz (ingeniera agrónoma) y el Dr. Oscar Taboga (biólogo).
Desde 2019, y tras largos años de impulsar la idea, el Instituto de Biotecnología se convirtió en la sede de una Unidad Ejecutora de Doble Dependencia INTA-CONICET, el Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular, IABIMO.