En esta área se nuclean los grupos de investigación que trabajan en la generación de conocimientos más básicos, con objetivos de desarrollo tecnológicos agropecuarios de mediano a largo plazo.

En sintonía con la misión del Instituto de promover el conocimiento básico de los problemas a solucionar para posibilitar el desarrollo y transferencia de los conocimientos propietarios generados en el Instituto hacia aplicaciones biotecnológicas. Los objetivos generales son la producción de conocimiento orientada a la comprensión de los mecanismos moleculares, fisiológicos y metabólicos y a la subsecuente identificación y caracterización de genes o procesos biológicos asociados a las problemáticas en estudio. Esta área está integrada por investigadores de distintas disciplinas, incluyendo la microbiología, la biología y genética molecular animal y vegetal, el mejoramiento molecular y la bioinformática aplicada al análisis masivo de información genómica y metagenómica, así como conocimientos en la interpretación biológica holística y su aplicación en sistemas productivos.