Resumen
La caracterización molecular de las cepas virales consiste en el estudio de diversos parámetros que pueden ser analizados a partir de las secuencias nucleotídicas o aminoacídicas. Algunos de ellos cobran más relevancia al estudiar la evolución del virus de un brote en particular como el análisis filogenético. La inferencia de una filogenia es un procedimiento de estimación de una historia evolutiva basada en una incompleta información obtenida que permite la caracterización de las relaciones entre los distintos aislamientos. Además, permite estudiar el origen y la evolución de los brotes de los distintos virus y sustentar los métodos de clasificación genética. La caracterización molecular es además esencial para la selección de cepas vacunales eficientes para el control de determinados virus actuantes en el campo. Otro de los objetivos del grupo es el estudio de la asociación de la variabilidad genética de factores ambientales, geográficos y temporales sobre el grado de conservación del genoma. Cómo influyen y de qué forma los factores epidemiológicos en la evolución viral es otro punto crucial para lograr un conocimiento cabal de la enfermedad y de cómo enfrentarla. De esta forma se logra asociar los datos y conocimientos de distintas disciplinas como la genética, la epidemiología, la filogeografía y la epidemiología molecular. De manera general, podemos decir que los virus cuyo genoma está compuesto por ARN exhiben una alta tasa de mutación durante la replicación de su genoma que le permite evolucionar rápidamente en períodos cortos de tiempo, mientras que los virus de ADN evolucionan más lentamente, pudiendo ser necesario la aplicación de distintas herramientas para su estudio.
Líneas de investigación
- Caracterización filogenética y filodinámica de enfermedades virales que afectan animales. Estudiar la evolución de las variantes del SARS-CoV-2 en Argentina por secuenciación de genoma completo y por secuenciación parcial del gen S. Obtener la secuenciación del genoma completo de aislamientos del virus de ORFV y VFA por medio de secuenciación de nueva generación (NGS). Identificar las cepas de Orf virus circulantes en la Argentina mediante la secuenciación parcial, el análisis molecular, de recombinación y filogenético de 5 genes de su genoma. Estudiar el origen, variabilidad y evolución de dos variantes virales del VFA y estimar la contribución de distintos factores ambientales en su evolución. Determinar la transmisión entre rodeos del VFA en la epizootia argentina 2000-2002 y del virus PRRS en sudamérica. Obtener un árbol de transmisión para los virus actuantes en la localidad de Mar Chiquita. Obtener con la técnica de NGS 20 secuencias de una región de la epidemia en la provincia de Santa Fe y Córdoba y comparar los resultados con los obtenidos en Mar Chiquita. Detección, caracterización y análisis filogenético del AGV2.
- Diagnóstico molecular y estudio epidemiológico de Parapoxvirus: se reciben muestras epiteliales de origen ovino, caprino, bovino y humano para el diagnóstico molecular de los virus que causan Ectima Contagioso (ORFV), Estomatitis Papular Bovina (BPSV) y Pseudocowpox (PCPV). Se realizan estudios epidemiológicos de ORFV con el fin de determinar las relaciones filogenéticas entre las cepas que circulan en el país y posibles vías de transmisión.
- Diagnóstico de Artritis Encefalitis Caprina (CAEV): a partir de muestras de sangre entera, se separa el plasma para hacer serología y con la capa linfocitaria se realiza una extracción de ADN para detectar mediante Nested-PCR el provirus CAEV.
- Estudio de los determinantes de interacción Ag/Ac entre el sitio antigénico A del VFA y anticuerpos monoclonales.
- La evolución viral afecta también un aspecto de la mayor importancia que es la estructura proteica de la cápside del virus. Estos cambios afectan particularmente a la efectividad de las cepas vacunales a la hora de neutralizar un virus a campo ya que cambios en ciertos lugares de la estructura del virus pueden facilitar la evasión del sistema inmune. En este trabajo se analizará la interacción entre el loop G-H de la proteína VP1 del VFA con anticuerpos y con el receptor celular de integrina, y la posibilidad de predecir dichas interacciones. Se analizará una nueva metodología multiestado para las predicciones de interacción Ag/Ac y Virus/receptor. Se realizará un análisis de predicciones por métodos computacionales de la interacción del sitio A de aislamientos de serotipo C y serotipo A.
Integrantes
DIRECTOR
Guido Alberto Konig
Investigador de INTA
Investigador Independiente de CONICET
konig.guidoalberto@inta.gob.ar
Soy licenciado en Ciencias Biológicas de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires (UBA) recibido en el siglo pasado (1996). Luego realicé mi doctorado en Ciencias Biológicas en la misma institución trabajando en el Instituto de Biotecnología del INTA, lugar en el que me sigo desempeñando actualmente. Además realicé dos especializaciones en Epidemiología en Salud Pública (2020) y en planificación y gestión de proyectos I + D (2014). Soy investigador independiente de CONICET e ingresé a la carrera en el año 2005. También realicé dos pasantías de 6 meses en el Reino Unido (University of Oxford – 2017- y Pirbright Institute – 2007-.
Mi principal interés y el objeto de todas mis líneas de investigación hasta el presente es la epidemiología molecular de virus animales de interés pecuario, aunque en el año 2020 me sumé también al proyecto PAIS, grupo de investigación dedicado al estudio de la evolución del virus SARS-CoV-2 en Argentina.
